8.3.1952. године одлуком Народног одбора града Неготина, а на предлог управе Музеја Крајине, као посебна институција основан је Историјски архив у Неготину. Тада под називом Градска државна архива.
Одлуку је потврдио Савет за просвету, науку и културу НР Србије 26. јуна исте године. Неготински архив првобитно је баштинио грађу Кључког, Поречког и Крајинског среза, да би фебруара 1996. године споменутом подручју био додат и Бор са издвојеним архивским одељењем, чиме је територијална надлежност заокружена на општине Неготин, Мајданпек, Кладово и Бор.