Кречњачке греде Малог и Великог Крша и Стола са источне стране ограничене су палеозојским шкриљцима и гранитима Горњанско-белоречког кристаластог појаса, док су са западне Тимочким андезитским масивом. Њихова апсолутна старост припада карбонској периоди и херцинској орогенези, док преко старих стена леже седименти доње јуре, затим средње и горње јуре и доње и горње креде. Западни део Малог Крша карактерише доња креда, а источни горња јура.
Од Великог Крша издвојен је превојем Врата, недалеко од Горњана. Попречни профил гребена Малог Крша је асиметричан, са блажом западном и стрмом источном страном. Одликује се великим бројем спелеолошких објеката у виду пећина и јама. Неке од њих су Оманска пећина, Љубина пећина, Србуљешка пећина, Медвеђа пећина, Михаилова пећина, као и велики број јама.
Кречњачки гребен Малог Крша има вододелничку функцију, чинећи развође Поречке реке и Пека, али и условљавајући већи број извора и водотокова на источној страни. Уједно, представља део Горњанског краса који је најбогатијим водом. Поред тога што је изграђен од кречњака, уз бројне ливаде, добро је пошумљен. Један од разлога је и веома слаба насељеност овог простора.
Биљни и животињски свет Малог Крша није довољоно истражен, али се претпоставља да је дом појединих ендемских и ретких врста, као и недалеки Стол. Јован Цвијић, који је Мали Крш заједно са Столом и Великим Кршом обилазио више пута од 1893. године, сматрао је овај крајолик ,,Српским Алпима”. Уз заштиту и очување природних вредности, Мали Крш има велики потенцијал за еко и алпинистички туризам.
Фото: Душко Опачић